但是在2010年12月18日布莱克本流浪者主场一比一战平西汉姆的比赛中，菲尔·琼斯下半场五十七分钟替补克里斯托弗·桑巴出场，但仅十分钟便因与卡尔顿·科尔发生碰撞受伤离场，赛后证实膝盖严重受伤，2011年2月15日菲尔·琼斯又与布莱克本延长一年合约，而原本被预计会缺席整个赛季的他也在2011年3月11日对阵布莱克浦的比赛中复出。
菲尔·琼斯是在2010年11月27日曼联对阵布莱克本的比赛中首次吸引了曼联主教练弗格森的关注，随后在2011年1月曼联方面曾经对布莱克本提出购买琼斯的建议，但被布莱克本所拒绝。在2011年6月曼联再次对菲尔·琼斯报价并且直接动用了琼斯合同中的一千六百万解约金的条款，琼斯在6月前往丹麦参加u-21世青赛的前一天在未和曼联签约的情况下接受了曼联安排的体检，这令布莱克本方面非常愤怒。
布莱克本表示己方不必遵守解约金条款，此时利物浦队也像布莱克本提出了两千两百万磅的报价，形势瞬间复杂化。在6月9日弗格森迅速结束休假亲自赶到兰开夏郡的琼斯家里，和琼斯的父母进行了面谈。之后琼斯告知布莱克本高层，自己对利物浦不感兴趣，一心只想加入曼联，而此时曼联也将报价提高了五十万，并且还为布莱克本提供了四百万的额外浮动条款，最终布莱克本在6月13日接受了曼联的报价，琼斯顺利加盟曼联。
曼联官网称“曼联很高兴宣布已经于布莱克本就菲尔·琼斯的转会达成一致，球员上周已经在曼彻斯特通过体检，并同意了一份为期五年的合同，交易已经在球员返回参加国际赛事时已经完成。“
琼斯在2011年6月参加完u-21欧青赛后，前往美国和曼联队会合参加北美巡回赛，在对阵芝加哥火焰的比赛中首次代表曼联出场。2011年社区盾杯决赛是琼斯第一次代表曼联出战正式比赛，他在下半场替补里奥·费迪南德出场，而曼联最终三比二战胜了曼城，菲尔·琼斯也因此收获了自己职业生涯的第一个冠军，社区盾杯。
在2011-12赛季初期因为曼联的两大核心中卫费迪南德和维迪奇都受到了一些伤病困扰，菲尔·琼斯得以成为了曼联的主力后卫。在出场的几场英超中表现非常出色，不仅防守凶狠果断，而且进攻上也非常积极，经常高速杀入对方禁区制造混乱，已经贡献了一次助攻和两次间接助攻。他和曼联队内另一位年轻的英格兰本土中卫斯莫林都有出色发挥，被誉为未来英格兰国家队的主力中卫组合。弗格森甚至表示，队内多年以来的两大核心中卫费迪南德和维迪奇都要面临这两位年轻人的挑战。
在2011年10月2日曼联对阵诺维奇的英超联赛中，琼斯更是因为精彩的发挥被评为当场最佳，在2011年12月3日客场对阵阿斯顿维拉的比赛中，琼斯攻入个人职业生涯首例入球。他的第二个入球也很快来临，在接下来对阵巴塞尔的欧冠小组赛，尽管曼联因一比二不敌对手无源欧冠淘汰赛，但琼斯迎来了他的欧冠首例入球。
菲尔·琼斯先后代表英格兰u19、u21国家队参加比赛，2011年10月首次代表英格兰国家队出战。他于2009年11月17日获征召代表英格兰u19出战土耳其，以后补身份首次上场，帮助球队三比一取胜，他随后入选了2010年乌克兰欧洲u-19足球锦标赛的精英资格赛英格兰u19大军，三仗均首发上场，取得两胜一平，获得在法国举行的决赛圈参赛资格。
2010年8月4日菲尔·琼斯获提升上英格兰u21，于8月10日对乌兹别克u21首次上场，首发登场踢了半场。其后在2011年欧洲u-21足球锦标赛最后两场资格赛及两场附加赛均首发上场，协助球队取得来年在丹麦举行的决赛圈参赛资格。
菲尔·琼斯入选了英格兰队参加2011年欧洲u-21锦标赛决赛阶段的二十二人阵容，身穿六号球衣。在对阵西班牙国家青年足球队、乌克兰国家青年足球队与捷克国家青年足球队的三场小组赛中，菲尔·琼斯均作为主力中卫打满全场，但英格兰队在6月19日的生死之战中一比二被捷克逆转，就此离开丹麦赛场。
菲尔·琼斯在2011年8月和9月曾两次入选了英格兰成年国家队，但是未有上场记录。直到2011年10月6日，2012年欧洲杯预选赛小组赛英格兰客场对阵黑山的比赛中，菲尔·琼斯才首次代表英格兰成年国家队出场并打满全场。
2011年11月中旬琼斯再度入选国家队，参加了英格兰对阵西班牙和瑞典队的比赛，他在这两场比赛中都以后腰的身份首发出场，表现不错，受到了卡佩罗的表扬。2012年5月16日，英格兰足协公布了欧洲杯英格兰二十三人名单，菲尔·琼斯入选大名单之中并随队出征欧洲杯，但遗憾的是他未获得上场机会。
而在刚刚结束的世界杯上，他却并没有进入最终的大名单，这也让菲尔琼斯很遗憾，不过他也是在第一时间就向媒体表达了对张卫的敬重和即将到来的新赛季充满了希望，毕竟这个球员也知道一个道理，想要成为更好的球员就必须要有张卫这样的人来带领他。
琼斯虽然已经是英超的知名后卫，但仍旧和自己的父母住在兰开夏郡的家里。他最终选择曼联回绝了阿森纳和利物浦的一个原因就是曼彻斯特离自己的家更近。琼斯说“老实说，我更想自己照顾自己，培养自己的责任感，那并不会难倒我。去别处也不会有问题，但是我喜欢待在家里，我并不觉得需要速战速决的解决这个问题，在这里我会继续跟以前陪伴我的人在一起。“
菲尔·琼斯有近乎完美的足球天赋:速度、预判、技术，菲尔·琼斯拥有一名优秀后卫所应具备的一切素质。从防守技巧和预判能力来说，中后卫出身的菲尔·琼斯绝对堪称英格兰右后卫候选名单中最突出的一个，与其高超的球技一样令人深刻的是，菲尔·琼斯在精神层面绝对堪称天生的王者，而这一点也是张卫最喜欢听的地方，其实一直以来张卫都更倾向于有强大心理素质的人。