他曾和聂豹、欧阳德、程文德等，在北京灵济宫讲学，听讲的人有时多至五千，是北京讲学的盛会，但是他底良知之学，和他底侍从世宗，修治斋醮，好象不曾发生冲突。他讲求经世之学，但是他也精心结撰青词，好象也役有矛盾。他正在准备在政治上和严嵩争斗，然而表面上只有和平。时机还役有来，他正跧伏着。
嘉靖三十年是明代对外关系中可以纪念的一年。二十九年俺答入侵，终于在饱掠以后退出长城了，但是对于北京正是一个随时可发的威胁。大将军仇鸾不敢开战，只有设法避免战争，主张采取马市底办法。马市是由俺答岁进若干马，朝廷岁给若干币帛粟豆。在表面上，是通商，在事实上，俺答所得的是生活必需的资源，明朝所得的是不能作战的马匹。三十年三月，开马市。第一个反对的是兵部员外郎杨继盛。继盛奏言十不可、五谬。世宗召集大臣会议，仇鸾大声地说：“杨继盛没有看过战争，把事情看得这样容易！”最后的决定还是认为既经和俺答约定了，无从反悔。继盛也就在这次贬为甘肃狄道典史。继盛是徐阶掌国子监时的门生，但是徐阶看到仇鸾结纳严嵩，正在得宠的时候，一句话没有说。就是居正，也在这个时期为严嵩赋三瑞诗；一篇称颂严家瑞竹、瑞芝、瑞莲三物的诗。最后的几句：
扶植原因造化功，爱护似有神明持。君不见，秋风江畔众芳萎，惟有此种方葳蕤！
这时是夏言已倒，徐阶未起的时候，世宗底力量，正在维持着这一本江西贵溪的瑞莲。
马市的事实，对于朝廷毕竟是一种侮辱。世宗衰迈了，也许有一些苟且，然而经不起这一个刺激。高傲的血液里，激荡着复仇的气息。仇鸾没有知道，还在庆贺自己底成功；俺答也没有知道，还在和平的气氛中，不断地进攻大同、怀仁。战争的呼声又起了，沉没了世宗苟安的杂念。三十一年三月，他一面派仇鸾赴大同巡视边防，一面用礼部尚书徐阶兼东阁大学士，参预机务。徐阶看清世宗对于仇鸾的信任已经起了变化，首先便把仇鸾贻误大局的策略揭破。五月召仇鸾入京，八月收仇鸾大将军印，九月罢马市，朝廷和鞑靼间，恢复作战的体制。世宗对于仇鸾的反感，一切都看在严嵩底眼光里。严嵩本来也感到徐阶底威胁，正在打算借徐阶、仇鸾平时接近的关系，给他们一个一石两鸟之计，却想不到第一个推翻仇鸾的却是徐阶，被他占了先着。于是他把一腔仇怨深深地埋藏下去，再伺候适宜的机会。徐阶也趁此时机，结纳居正。周圣楷《张居正传》称：“时少师徐阶在政府，见公沉毅渊重，深相期许”，便是这个时候。《明史·张居正传》称“严嵩为首辅，忌阶，善阶者皆避匿，居正自如，嵩亦器居正。”徐阶和居正，方在计划推倒严嵩底政权，但是表面上还是平和。严嵩看到居正在那里做《贺灵雨表》、《贺瑞雪表》、《贺冬至表》、《贺元旦表》那些不痛不痒的文章，有时便吩咐他代拟一道，居正那些“臣等秩首班行，恩深眷遇，涵濡德泽，同万物以生辉，拜舞衣冠，仰九天而称贺”，（奏疏十三《贺元旦表》二）“臣等叨尘密勿，夙荷生成，念岁月之既多，感宠恩之愈厚”，（同卷《贺元旦表》五）都是在嘉靖三十一、二年代辅臣拟作的。在严嵩底眼中，居正只是一个应酬诗文的作家，这又证实严嵩不如徐阶的敏感。
嘉靖三十二年，居正是一个二十九岁的青年，但是他底抱负，已经把他压迫得喘不过气来。诗集《拟西北有织妇》一首，大致是这年作的：
西北有织妇，容华艳朝光，朝织锦绣段，暮成龙凤章。投杼忽长吁，惄焉中自伤。绵绵忆远道，悠悠恨河梁，远道不可见，泪下何浪浪！春风卷罗幙，明月照流黄，山川一何阻，云树一何长。安得随长风，翩翻来君傍，愿将云锦丝，为君补华裳。
究竟是少年人，在一首通篇比兴的诗后，透出志在宰辅的抱负。幸而严嵩不会看到此诗，可以不必顾忌，他只在那里等待江南来的长风，把他送进内阁。
二十九年俺答包围北京的时候，仇鸾不敢开战，是严嵩底同志；马市开了，世宗一意听信仇鸾底话，仇鸾便成为严嵩底威胁，所以杨继盛攻击仇鸾，间接也给予严嵩一种安慰。三十一年仇鸾失败，继盛便由狄道典史，一升山东诸城知县，再升南京户部主事，三升刑部员外郎，四升兵部武选司；从三十一年到三十二年，一岁四迁，严嵩看清这次继盛一定是感激涕零了，偏偏继盛也看清严嵩只是一个辜恩误国的权奸。到任一个月，他弹劾严嵩十大罪，又说：
嵩有是十罪而又济之以五奸。知左右侍从之能察意旨也，厚贿结纳，凡陛下言动举措，莫不报嵩，是陛下之左右，皆贼嵩之间谍也。以通政司之主出纳也，用赵文华为使，凡有疏至，先送嵩阅，然后入御。王宗茂劾嵩之章，停五日乃上，故嵩得展转遮饰。是陛下之喉舌，乃贼嵩之鹰犬也。畏厂卫之缉访也，令子世蕃，结为婚姻。陛下试诘嵩诸孙之妇，皆谁氏乎？是陛下之爪牙，皆贼嵩之瓜葛也。畏科道之多言也，进士非其私属，不得预中书、行人选；知县非通贿，不得预给事、御史选。既选之后，入则杯酒结欢，出则馈赆相属，所有爱憎，授之论刺，历俸五六年，无所建白，即擢京卿。诸臣忍负国家，不敢忤权臣。是陛下之耳目，皆贼嵩之奴隶也。科道虽入牢笼，而部、寺中或有如徐学诗之辈，亦可惧也，令子世蕃，择其有才望者罗置门下，凡有事欲行者，先令报嵩，预为布置，连络蟠结，深根固蒂。各部堂司，大半皆其羽翼，是陛下之臣工，皆贼嵩之心膂也。陛下奈何爱一贼臣，而忍百万苍生陷于涂炭哉！至如大学士徐阶，蒙陛下特擢，乃亦每事依违，不敢持正，不可不谓之负国也。
继盛上疏之前，斋戒三日，满以为一诚上达，为国除害。但是他却忘去了世宗底存在。世宗任用严嵩，这是世宗底认识；继盛指摘严嵩底奸贼，便是指摘世宗底认识错误。这一点徐阶看得清，但是徐阶对于继盛底上疏，也是无可如何，只有坐看严嵩底挑剔，和刑部尚书何鳌底罗织。继盛经过廷杖一百以后，系刑部狱三年，最后在嘉靖三十四年，附着毫无关系的都御史张经案中弃市，这是后话。
居正是一个深沉的人，从继盛下狱以后，处处感到危机。对于时局，他底愤懑已经达到极点，可是偏偏不许流露。他底抱负是伟大的，可是在这个政局里，只要他做不关痛痒的文章，用不到他底抱负。平生底知己，剩得徐阶，然而徐阶只是那样地小心翼翼，纵使居正有什么主张，他一概不问，永远是静静地待着；而严嵩底政权，正在日新月异地，因为受着世宗底栽培而滋长。
这是做诗的时机罢！居正充分地把一腔哀怨交给他底诗囊。
述怀
岂是东方隐，沈冥金马门？方同长卿倦，卧病思梁园。蹇予柄微尚，适俗多忧烦。侧身谬通籍，抚心愁触藩，臃肿非世器，缅怀南山原。幽涧有遗藻，白云漏芳荪，山中人不归，众卉森以繁。永愿谢尘累，闲居养营魂，百年贵有适，贵贱宁足论。（诗一）
适志
有欲苦不足，无欲亦无忧，羲和振六辔，驹隙无停留，我志在虚寂，苟得非所求，虽居一世间，脱若云烟浮。芙蕖濯清水，沧江漂白鸥。鲁连志存齐，绮皓亦安刘，伟哉古人达，千载想徽猷。（同上）
蒲生野塘中
蒲生野塘中，其叶何离离，秋风不相借，靡为泉下泥。四序代炎凉，光景日夜驰，荣瘁不自保，倏忽谁能知。愚暗观目前，达人契真机，履霜知冰凝，见盛恒虑衰。种松勿负垣，植兰勿当逵，临市叹黄犬，但为后世嗤。（同上）
在那个时代里，政治界的人物，大都是热中的。无疑地，居正底整个政治生活，充满热中的气息。然而这时他居然恬淡了。他没有忘去鲁连存齐、绮皓安刘的伟业，但是眼前正留着种松负垣、植兰当逵的炯戒。归去罢，归去罢，江陵底山水正在向他招手。
据敬修《文忠公行实》，居正元配顾氏，继配王氏。他第一次结婚在那一年，不可考。从诗集编次看，大致嘉靖三十二年，顾氏已经死去一年了。诗题：“余有内人之丧一年矣，偶读韦苏州伤内诗，怆然有感。”这首诗很流露了居正夫妇间的爱恋：“蹇薄遘运屯，中路弃所欢，嬿婉一何促，饮此长恨端”四句，指明他们相处的时期，并不太长，然而已经永别了。“离魂寄空馆，遗婴未能言”，正写出寄榇北京的情形，遗婴是否就是敬修，也不可知。（王世贞《首辅传》卷七言居正以妻丧请急归，与居正言不合。）
顾氏死后，不久居正又结婚了，这是王氏。正和一切再娶底情形一样，人生底缺憾是无法弥补的。居正诗集中《朱鸟吟》底最后两句：“仙游诚足娱，故雌安可忘”，是一个证明。
归去罢，归去罢！平生的抱负无法实现，当朝的权奸无法扫除；同年的杨继盛已经下狱，自己底前途毫无保障；少年的伴侣，已被死亡夺去；感情底创痕，又无从弥补。嘉靖三十三年的居正，只是一个三十岁的青年，然而已经认识了人生底痛苦，纵使没有什么大不了的疾病，他已经感觉到衰病缠绵。（诗集《送黎忠池》—首之二：“余有归与兴，抱病淹朝秩”可证。）终于在这一年，他告了病假，仍回江陵。临行的时候，他对徐阶留下一千几百字的一封长信。他说：
相公雅量古心，自在词林即负重望，三十余年；及登揆席，益允物情，内无琐琐姻娅之私，门无交关请谒之衅，此天下士倾心而延仕也。